Pour la préparation des décisions qui lui incombent et des affaires qui lui sont soumises, l'Assemblée de Corse s'organise en 3 commissions organiques entre lesquelles sont distribués tous les dossiers selon leur objet. Les membres des commissions organiques sont désignés à la représentation proportionnelle au plus fort reste des groupes.

• Commission des finances et de la fiscalité
• Commission de l'éducation, de la culture, de la cohésion sociale et des enjeux sociétaux
• Commission du développement économique, du numérique, de l'aménagement du territoire et de l'environnement

Le règlement de l'Assemblée de Corse prévoit par ailleurs les commissions thématiques suivantes :

• Commission de contrôle
• Commission des compétences législatives et réglementaires et pour l'évolution statutaire de la Corse
• Commission des affaires européennes
• Commission pour les politiques de santé